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Responsable : Elisabeth JAMET, jamet@scsv.ups-tlse.fr
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L'objectif de cette opération est de contribuer à la compréhension du rôle des protéines pariétales dans les processus de développement. Ceci nécessite d'une part l'identification de l'ensemble des protéines, des gènes correspondants et de leur fonction biologique, de suivre la dynamique du protéome dans différentes conditions physiologiques, et de mettre en oeuvre des analyses fonctionnelles. Nous avons développé trois outils informatiques pour faciliter l'interprétation des données de protéomique des parois végétales : - ProtAnnDB permet de centraliser les données d'annotation structurale (prédiction de localisation sub-cellulaire) et fonctionnelle (prédiction de domaines fonctionnels) des protéines obtenues grâce à différents logiciels bioinformatiques disponibles en ligne (San Clemente et al. 2009). Cet outil permet d'annoter très rapidement les protéines identifiées chez Arabidopsis et le riz grâce à la spectrométrie de masse : ProtAnnDB. - WallProtDB est une base de données rassemblant les données de protéomique pariétale déjà publiées chez Arabidopsis et le riz (Pont-Lezica et al. 2009): WallProtDB. - ProterNyc est un outil permettant de prédire la position des séquences N-terminales d'adressage à la voie de sécrétion des protéines et des peptides N-glycosylés à partir de données de spectrométrie de masse (Albenne et al. 2009): ProterNyc. Notre équipe a participé à l'organisation des Journées du réseau Français des Parois en mars 2008 à Boussens, au sud-ouest de Toulouse: Journées RFP 2008.
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